Dans un environnement comme le marais de Brière où l’eau est omniprésente, surveiller l’évolution du milieu aquatique est primordial. Pour cela, plusieurs paramètres pouvant influer sur l’état de conservation des habitats et des espèces seront désormais régulièrement mesurés : température de l’eau, salinité, pH, turbidité, concentration en dioxygène dissous, phosphate, nitrate, nitrite, ammonium…
Ce suivi permet d’une part, d’avoir des données de référence pour pouvoir identifier des évènements extraordinaires ou des évolutions sur le long terme, ce qui est particulièrement important dans le contexte actuel de changement climatique, et d’autre part, il apporte une meilleure compréhension quant à la variation des paramètres et les liens qu’il y a entre eux.
Voici quelques exemples de relations de causes à effet et interdépendances documentées dans la bibliographie :
| Paramètre | Est influencé par… | A des conséquences sur… |
| Température | Changement climatique Saison | Concentration en dioxygène dissous Salinité |
| Dioxygène | Température Photosynthèse | Respiration des organismes aérobies et anaérobies |
| Azote et phosphore | Effluents d’élevage Engrais épandus sur les sols Boues de station de traitement des eaux usées Rejets d’eaux usées insuffisamment traités Lessivage des sols | Photosynthèse |
| Turbidité | Lessivage des sols Curage Circulation au moteur EEE animales Disparition herbiers aquatiques | Photosynthèse Détection des proies |
| pH | Dissolution du CO2 | Reproduction des amphibiens |
| Salinité | Température Remontées de sel Gestion hydraulique Passes à poissons Hausse du niveau marin | Composition spécifique générale (reproduction des amphibiens) |