Au-delà du littoral, la Brière abrite en son cœur de vastes étendues de zones humides, ceinturées par des structures bocagères plus ou moins denses : en quelque sorte l’écrin qui sublime les marais.
A l’extrémité ouest du territoire, l’océan Atlantique se mêle au petit fleuve côtier du Mès dans des marais alors saumâtres. Ces marais sont remarquables par la diversité paysagère qui s’y établit, fonction du degré de salinité des eaux. Ce paysage riche et complexe résulte également des interventions humaines sur ce milieu, marqué par la tradition de récolte du sel.
L’ensemble que forment le marais de Grande Brière avec les marais privés de Donges et de la Boulaie sont pour leur part composés d’eau douce. Ils sont alimentés par le bassin versant du Brivet et isolés des remontées marines de l’estuaire par des systèmes d’écluses. Couplées aux canaux creusés à partir du 19e siècle, celles-ci permettent de maîtriser les niveaux d’eau sur les marais, dans l’objectif d’optimiser la valorisation de ces vastes étendues (pâturages, tourbage, chasse…)
